Insiden alergi pada bayi merupakan hal yang sering menjadi perhatian. Data menunjukkan bahwa di Indonesia alergi dialami oleh 20 % dari total populasi bayi yang baru lahir dan cenderung meningkat pada bayi berusia di bawah 1 tahun. Beberapa tipe alergi termasuk dermatitis atopik dan asma, yang disebabkan oleh reaksi alergi terhadap protein susu sapi, telur, gandum, kacang tanah, kedelai dan makanan laut.

Lebih dari 80% dari bayi yang mengalami alergi, menunjukkan gelaja sebelum mereka berusia 4 bulan, dan hampir 90 % sebelum 12 bulan. Gejala-gejala alergi antara lain adalah kemerahan pada kulit, masalah dalam menelan atau bernafas, muntah serta diare. Yang tidak kalah menarik adalah beberapa studi yang telah dilakukan menunjukkan bahwa nutrisi memiliki peran penting dalam pencegahan alergi. Para dokter dan ahli gizi secara aktif meneliti efektivitas prebiotik dalam mengurangi risiko timbulnya alergi. Penelitian klinis menunjukkan bahwa pemberian ASI eksklusif selama 6 bulan terbukti menurunkan insiden dermatitis atopik pada anak-anak yang diperiksa hingga mereka berusia 3 tahun. Dermatitis atopik adalah masalah umum selama bulan-bulan pertama kehidupan bayi, dan timbulnya masalah tersebut memberikan informasi tentang status sistem imun seorang bayi. Dengan demikian dibandingkan susu formula biasa, ASI terbukti melindungi bayi dari penyakit atopik, terutama jika ada riwayat keluarga dengan penyakit itu. Sedangkan dari penelitian lainnya terhadap bayi sampai berusia 17 tahun, diketahui bahwa pemberian ASI eksklusif menurunkan resiko eksem dan alergi makanan dibandingkan bayi yang hanya diberikan susu formula biasa.